Działanie 3.1 Modernizacja systemu zarządzania i nadzoru w oświacie w ramach Priorytetu III Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki ma na celu ocenę efektywności procesu kształcenia oraz stopnia jego  adekwatności do potrzeb na rynku pracy, a także opracowanie i wdrożenie rozwiązań, które usprawnią procesy zarządzania w systemie oświaty. Odbiorcami pomocy są zarówno placówki edukacyjne różnych szczebli, w tym także uczelnie wyższe publiczne i niepubliczne, jednostki naukowe, a także organy administracji oświatowej, Ministerstwo Edukacji Narodowej, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa wyższego, kuratoria oświaty oraz Centralna Komisja Egzaminacyjna i jej okręgowe delegatury.
             W ramach działania realizuje się projekty badawcze i monitorujące jakość kształcenia i poziom edukacji. Projekty te są realizowane przez odpowiednio przygotowywane do tego kadry. Zebrane dane służą wyznaczaniu mocnych i słabych stron (analiza SWOT) istniejącego systemu oraz umożliwiają opracowanie strategii, która poprawi sytuację w polskim systemie oświaty. Działanie zakłada stworzenie Systemu Informacji Oświatowej, spójnego systemu informatycznego przechowującego zebrane dane, spójnego z innymi systemami w obszarze edukacji. Stworzenie takiego systemu przyczyni się do usprawnienia przepływu informacji i koordynacji pozyskiwania danych, co umożliwi z kolei opracowanie spójnego planu działania dla całego kraju. Realizowany jest także projekt oceny efektów pracy dydaktycznej, edukacyjnej i wychowawczej szkół i nauczycieli, a także wspieranie tej działalności. Do oceny tych efektów użyty będzie, oprócz samych wyników egzaminów, miernik edukacyjnej wartości dodanej. Wyznacza się go poprzez prognozowanie wyników przyszłych egzaminów na podstawie wyników już uzyskanych, różnica między tymi wynikami to właśnie edukacyjna wartość dodana. Taki sposób pomiaru efektów działalności szkół i nauczycieli pozwala na bardziej miarodajną ocenę.
            Programy w ramach działania 3.1 pozwolą na określenie obszarów problemowych systemu edukacji, a także wyszczególnienie konkretnych szkół, na które należy zwrócić uwagę. Szkoły o wysokim poziomie powinny przyczynić się do sporządzenia katalogu dobrych praktyk, który byłby wzorem dla placówek, które osiągnęły gorsze wyniki. W tych drugich należy uruchomić programy naprawcze, które pomogą rozwiązać problemy. We wszystkich szkołach należy kłaść nacisk na kształcenie w tych dziedzinach, które są kluczowe dla rozwijającej się gospodarki, a także zgodnie z prognozowanym zapotrzebowaniem na rynku pracy.
            Uzyskane wyniki będą przydatne także w opracowaniu i wdrożeniu modernizacji systemu nadzoru pedagogicznego, a także usprawnienia systemu zarządzania oświatą na poziomie regionalnym i lokalnym.
 
 
W ramach działania 3.1 wyróżnia się 2 poddziałania:
3.1.1 Tworzenie warunków i narzędzi do monitorowania, ewaluacji i badań systemu oświaty
            Projekty polegające na przygotowaniu zaplecza badawczego, kadr i przeprowadzeniu badań edukacyjnych, stworzenie Systemu Informacji Oświatowej
3.1.2 Modernizacja systemu nadzoru pedagogicznego
Projekty w zakresie opracowania i wdrożenia modernizacji nadzoru pedagogicznego i oceny jakości pracy szkoły oraz doskonalenie zarządzania oświatą.